Der er to grundlæggende aftalemodeller inden for SEA-ordningen:
1. En fastprismodel, hvor huslejen baseres på en pris fastsat tidligt i byggeprocessen. Dette giver universiteterne sikkerhed for huslejen ved et byggeri. En fastprisaftale placerer entydigt den økonomiske risiko for mer- eller mindre forbrug i udførelsesfasen hos Bygningsstyrelsen. Siden 2015 har Bygningsstyrelsen aktivt rådgivet universiteterne til at anvende fastprisaftaler.
2. En dialogbaseret model, hvor huslejen baseres på de faktiske byggeomkostninger. Dette medfører, at styringen af byggeriet placeres hos Bygningsstyrelsen, mens den økonomiske risiko placeres hos universitetet, herunder også muligheden for en gevinst, hvis de faktiske byggeomkostninger bliver lavere end forventet. Dette sikrer kunden en større inddragelse i byggeprojektet, men betyder samtidigt, at universitetet på godt og ondt bærer hele den økonomiske risiko.
Det er vigtigt at bemærke, at det grundlæggende er hensigten med de fastprisaftaler, som Bygningsstyrelsen tilbyder universiteterne, at det opførte byggeri skal understøtte universitetets behov. Det er også en præmis, at det er universitetet, der bestiller byggeriet og beskriver det behov, de har.
Dermed har universiteterne præcis samme indflydelse i byggeriets tidlige faser, uanset hvilken af de to modeller, man vælger.
Endelig er det vigtigt at understrege, at tilkøb eller ændringer af projektet, som et universitet måtte ønske, kan ske i begge aftaleformer.